无尽的拉格朗日中的关卡系统主要通过定期活动体现，其中四光年之行活动包含15个固定航程站点。根据游戏设计，四光年之行活动是为了纪念背景故事中的四光年之旅，玩家通过上线点击开始航行，经过一定时间后领取奖励，循环15次后抵达终点曙光星，这15个航程站点构成了活动的关卡结构，玩家每次抵达站点可获得奖励，最终完成所有航程。
游戏中的引力探测活动提供每日解锁的关卡，玩家需要完成弹球射击任务。引力探测活动每天开放一个新的关卡，玩家发射弹球触碰未点亮的白点即可完成，但活动总关卡数不固定，取决于活动周期和玩家参与情况，关卡设计基于物理引力原理，需要玩家预判轨迹以精准命中目标。
游戏的赛季进度也类似关卡系统，以星门建造完成为结束标志。一个赛季的持续时间通常为两个半月左右，当最后一个星门建造完成时赛季结束，玩家可以通过星系态势查看进度，赛季结构包括资源收集、舰队建设和联盟合作，最终目标推动星系发展。
对于ST59舰船，其升级和模块选择涉及技术点分配，而非传统关卡。ST59作为防御战列巡洋舰，拥有多种模块系统，如A系统的脉冲炮塔阵列、B系统的综合投射平台、C系统的防卫重装或电磁装甲模块，玩家需根据需求选择加点，但模块数量不固定，技术点强化可提升武器伤害或护甲值。
无尽的拉格朗日的关卡概念融合了活动、赛季和舰船发展。游戏没有明确的固定关卡数目，而是通过动态的活动和进度系统提供持续体验，玩家需参与各种任务和建设来推进，包括资源运输、海盗清除和星系探索，这些元素共同构成游戏的策略性玩法。
